生物物理研究所的研究系統由六個實驗室組成：生物大分子國家重點實驗室、腦與認知科學國家重點實驗室、中國科學院感染與免疫重點實驗室、中國科學院核酸生物學重點實驗室、蛋白質與多肽藥物所重點實驗室、交叉科學所重點實驗室。

　　1、 生物大分子國家重點實驗室

　　2、 腦與認知科學國家重點實驗室

　　3、 中國科學院感染與免疫重點實驗室

　　4、 中國科學院核酸生物學重點實驗室

　　5、 蛋白質與多肽藥物所重點實驗室

　　6、 交叉科學所重點實驗室

　　按研究組長姓氏首字母排列：

　　◆   姓氏首字母A-G           ◆   姓氏首字母H-K

　　◆   姓氏首字母L               ◆   姓氏首字母M-P

　　◆   姓氏首字母Q-V           ◆   姓氏首字母W

　　◆   姓氏首字母X-Y           ◆   姓氏首字母Z

　　生物物理所研究組長總名錄

（資料來源：人事處，2022-01-24）